1964 yılında Erzurum’da dünyaya gelen Mükerrem Ünlüer, 1987 yılında İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi’nden mezun olarak kamu hizmetine ilk adımını attı. 1989-1992 yılları arasında Erzurum’da kaymakam adayı olarak görev yaptıktan sonra sırasıyla Isparta’nın Gelendost, Artvin’in Yusufeli, Elazığ’ın Palu ve Sakarya’nın Ferizli ilçelerinde kaymakamlık görevlerinde bulundu.
Ünlüer, merkezi idarede de önemli görevler üstlendi. 2003-2007 yılları arasında İçişleri Bakanlığı İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı’nda, ardından 2007-2012 yılları arasında Cumhurbaşkanlığı İdari ve Mali İşler Başkanlığı’nda görev yaptı. 2012-2013 yılları arasında İçişleri Bakanlığı Hukuk Müşavirliği görevini yürüttü.
Yurt dışı deneyimleri de bulunan Ünlüer, bir yıl süreyle İngiltere’de eğitim aldı, ayrıca Japonya’da gerçekleştirilen 26 günlük Afet Yönetimi Kursu’na katıldı. Mülki idare alanında düzenlenen birçok seminere katılarak mesleki gelişimini sürdürdü. Sakarya Üniversitesi’nde Kamu Yönetimi alanında lisansüstü eğitim aldı.
Görev süresince çeşitli takdir belgeleriyle ödüllendirilen Mükerrem Ünlüer, 2013 yılında Bakanlar Kurulu kararıyla Bayburt Valiliği’ne atandı. 2014 yılında merkez valiliği görevine getirildi. Aynı yıl İçişleri Bakanlığı Müsteşar Yardımcılığı’na, 2015 yılında ise kısa süreyle vekaleten Müsteşarlık görevine atandı.
